その後

HDDを入れ替えて、怪しい設定も戻してもう安心と思ったのもつかの間、また2度ほどアクセスランプ付きっぱなしでフリーズという状況に陥りました。
1回目はかつーんとヘッドの緊急リトラクト音がしてマウスカーソルが停止。何となくとっさにHDDの電源コネクタを抜き差し*1したら再度HDDが回り出して復旧。
2回目は電源の抜き差ししても復帰せずリセット。

何となくBIOS周りをチェック。最近いじったと言えばSpread spectrumをDisableにしたくらいですが一応Enableに。

緊急リトラクトと言うことで電源電圧の低下か？と思いその後SpeedFanで電圧をモニタリングしてます。負荷による瞬低だとサンプリング間隔間に合わない気もしますが。
測定値は+12VとVcc(5V)は規定範囲内(12Vは少々高め、Vccは少々低め)ですが、+3.3Vが時々規定の±10%を下回ってる感じで恐いです。ただしM/B付属のMSI CoreCenterでは規定内なのでSpeedFanは補正がかかってないのかもしれません。
つか、そもそもHDDの駆動には3.3V関係ないですけどね。

現在使ってる電源は初代Silent Kingの350W、最近の流れからすると少なめとも言えますが、今の構成にして約半年間安定していた事を考えると経年劣化という可能性も。

とりあえず今のところ安定してるので本当にSpread spectrumだったりして…(汗)
この設定は波形を鈍らせて(訂正、クロックに周波数変調かけるそうです。)ノイズの周波数成分を分散させて(だからspread spectrum)EMIを防ぐ設定で、普通はDisableにするらしいです。
コレってPCの外部の危機に対するEMIの防止だと思ってたのですが、まさかHDDがEMI喰らってたなんてことあるのですか？

*1:よい子は真似してはいけません