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立ち上げたらATOK13の設定ファイルの一部が壊れていた。
幸いほぼデフォルトで使用していた辞書ファイルとツールバーの設定が吹っ飛んだだけなのでデフォルトの設定ファイルからコピーしてだいたい元通り。
デフォルトだとこれらのファイルはProgram Files以下のATOKのインストールディレクトリに保存されるのですが、これを機にデータドライブに移動。
これでOSの再インストール時に待避忘れてふっ飛ばすなんてこともなくなります。

あとは自動バックアップ設定でもしておけば完璧ですか。