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ずいぶんと前からATOKがMS-IMEでもそれはないだろうといいたくなるようなとんでもない変換をするようになっていたのでせっかくだから辞書をリセットしてみました。
ユーザ辞書から登録単語をすべて書き出して空のユーザ辞書を作成して再登録。
ついでに以前はユーザ辞書に登録していた麻雀用語を新たに補助辞書作ってそっちに登録。
とりあえず少し使ってみた感じ、だいぶ直ってるような。

たぶんこうなったのはATOKに移行した当初、むやみやたらと学習強度を高くして変な文節区切りとか覚え込ませてしまったのが原因なんでしょうねぇ。
確定後に間違った部分を部分的に打ち直すことをたびたびやりますが、あれを文節や単語区切り以外のところで修正してると変な区切りや自動登録単語が蓄積されてしまいそうです。